В Республике Кыргызстан после ухода А. Акаева лидер демократической партии «Ак жол» К. Бакиев, дважды победив на выборах (2005, 2009 гг.), исполнял обязанности главы государства.
В отличие от других государств Средней Азии, в Туркменистане существует единственная политическая партия — Демократическая партия Туркменистана. После смерти первого президента, бывшего коммуниста С. А. Ниязова (Туркменбаши), в 2007 г. главой государства избран Гурбангулы Бердимухамедов.
В Таджикистане, после урегулирования межэтнического конфликта, с 1994 г. президентом является Э. Рахмон (Рахмонов), бывший председатель колхоза. Таджикистан — многопартийное государство. В стране зафиксировано около шести политических партий.
Конфликты в Оше и Фергане. В Средней Азии, в регионах с высокой плотностью населения, земельные споры всегда вызывали межнациональную напряженность. Так, летом 1989 г. вспыхнули беспорядки на межнациональной почве в Фергане. Местное население (узбеки) устроили погромы турок-месхетинцев, в ходе которых погибло свыше 90 человек. Для наведения порядка были введены войска.
Особенно остро земельный вопрос проявился в Ошской области Киргизии летом 1990 г. В годы советской власти местная администрация выделяла представителям титульной нации участки поближе к дороге и источникам воды, узбекам же доставалась богара.
Летом в регионе образовались два неформальных движения: «Ош аймагы» (кыргызское) и «Адолат» (узбекское), подстрекавшие молодежь к выступлениям. 700 семей кыргызов, арендовавших жилье в узбекских махаллях, были выгнаны на улицу. В пригородном колхозе им. Ленина стали собираться жители кыргызской (1,5 тыс.) и узбекской (10 тыс.) национальностей, направившиеся затем в город. Кыргызы вошли в Ош с одного конца, узбеки — с другого, и начались погромы. На помощь местным узбекам приехали их соплеменники из Узбекистана.
Таджикский конфликт. Осенью 1991 г. после распада СССР в Таджикистане образовалась антиправительственная оппозиция, добивавшаяся свержения власти Компартии. Клановая организация Таджикистана сохранялась в годы советской власти. Москва контролировала соразмерность численности кланов в высшие органы государственной власти. В декабре 1990 г. происходит объединение Демократической партии Таджикистана с исламской партией «Возрождение» и Народным фронтом «Растохез».
Основными задачами объединения стали борьба с Коммунистической партией Таджикистана и создание большинства в Верховном Совете республики. После вынужденной отставки коммуниста К. Махкамова (за поддержку ГКЧП в Москве) в ноябре 1991 г. президентом был избран Рахмон Набиев, который опередил лидера оппозиции памирца Д. Худоназарова. Лидеры оппозиции отказались признать итоги выборов и начали массовые акции протеста в Душанбе.
Оппозиция при финансовой поддержке исламистов из Афганистана стала формировать вооруженные отряды из памирцев и жителей Гарма. 7 сентября 1992 г. памирцы сумели продвинуть своего ставленника А. Искандерова. В ответ на это южане (кулябцы) создали Народный фронт и сформировали военизированные отряды. Если таджики Памира и горного Бадахшана были шиитами и придерживались принципа образования исламского государства, то таджики равнинной части были в большинстве суннитами и стояли на основах защиты светского государства. В октябре 1992 г. Верховный Совет Таджикистана созвал сессию в Худжанде (на севере).
На этой сессии депутаты севера и юга, составив большинство, упразднили институт президентства и избрали главой парламента кулябца Эмомали Рахмонова (Рахмона). В декабре 1992 г. войска Народного фронта вошли в Душанбе. В Афганистан хлынул поток беженцев из числа членов семей и родственников участников антиправительственной борьбы. Исламисты создали базы на территории Афганистана и стали наносить оттуда удары по Таджикистану. 25 мая 1993 г. в Москве был подписан российско-таджикский Договор о дружбе, сотрудничестве и взаимопомощи. Договор предусматривает присутствие на территории Таджикистана частей российской армии и пограничной службы.
Для обеспечения стабильности в стране были сформированы коллективные миротворческие силы СНГ, состоящие из российских войск и подразделений Узбекистана, Киргизии и Казахстана.
При содействии России, миротворческих миссий ООН государства Средней Азии решают вопросы о делимитации и демаркации государственных границ.